体外碎石——将高能波聚焦，粉碎体内结石，再经过尿液自然排出。尽管高能波聚焦对准了结石，但病者吸气会改变肾脏的位置，致使聚焦偏离靶点。这种状况以及因为技术操作失当、碎石能量大的等均可损伤正常的肾组织，尤甚打出肾脏大血肿，在有出血倾向或者有病理基础的肾脏病者身上更轻易产生。国内外都有医院因为操作不规范而产生了医疗事故，较重的尤甚置成病者致死。
微创手术取石——从腰部的体表表皮开口子进去，再在肾脏上方穿刺1个洞取出结石，其缺点是因为肾脏组织甚为脆弱，若操作处置失当或呈现意外，可置成肾脏大出血。用内镜经过身体的尿道和输尿管伸入肾脏取石也是一种很好的微创手术方法，多适用于输尿管结石，其缺点是输尿管狭长且弯曲，操作不正确可置成内镜器械损伤输尿管，有时尤甚把输尿管扯断。从整体上说，微创取石技术已经成为治理尿路结石的首要方法，还是相对安全的。
